Megaman EXE se divide en dos áreas. La primera narra desde la llegada de Megaman a la vida de Lan hasta el final del torneo Grand Prix N1. En este tiempo la organización criminal es WWW (World Three) a cargo de Mr. Willy, quién está en busca del Navi Supremo que lo ayude a conquistar la Net. Se cree que este llega a ser PharaohMan, pero es derrotado tras mucho esfuerzo por Megaman y su gran rival, Protoman. La segunda área trata de las aventuras de Lan, muchas de estas fuera de su ciudad natal, Den Tech City. Lan ha ganado un viaje alrededor del mundo y vive experiencias inolvidables en diversos lugares junto a Megaman. Al regresar a la ciudad, Maylu le muestra la recién construida “Net City”, pero no viene sola, pues Mr. Willy ha creado una nueva organización de malhechores llamada Grave. Esta compañía está determinada a crear al Virus Beast, un poderoso monstruo capaz de destruir la Net entera. Los últimos capítulos de EXE, "De Aquí a los Revolucionarios PET" y "Los Cazadores de Virus" sirven como una especie de introducción a Axess.

AXESS
Una temporada mucho más madura, donde se corren mayores riesgos llega a la pantalla. Megaman Axess comienza con Yuichiro Hikari, el brillante científico padre de Lan que en la temporada pasada fue capaz de inventar el Dimensional Core. Esta vez, Hikari ha logrado inventar generadores de área dimensional y el llamado “Synchro Chip”, que fusiona al Net Navi con su Operador. Esto coincide con los planes de Nebula de conquistar tanto el mundo real como el cibermundo. Al comienzo de Axess, Lan observa una prueba del Synchro Chip y más tarde lo utiliza para derrotar a los Darkloids (Navis malignos que sirven a Shademan) cuando se infiltran en el mundo humano gracias al área dimensional. Lan es invitado a convertirse en un Net Saver, un NetBattler Oficial que se encarga de proteger la Net. Como resultado de la Cross Fusion, Megaman pierde su habilidad de Style Change, pero gana la “Soul Unison”, que le permite combinar sus poderes con los de otro Navi.
STREAM

Un mes después de enfrentar a Duo, ya con el Link PET en mano, el trío Net saver: Lan, Chaud y Raika lleva a cabo un entrenamiento para medir sus habilidades. Mientras esto sucede, ataques devastan la ciudad. Dos cyber bestias, llamadas Falzer y Gregar luchan derribando todo a su paso. Beast marca la llegada de un pequeño Net Navi llamado Trill, quién inmediatamente establece una relación amistosa con Megaman. El problema para este, es que Trill puede transformarlo en el modo bestia, una extraña habilidad que le permite ser tan fuerte como las cyber bestias legendarias, pero que le lleva a perder el control de sí mismo.

Falzer y Gregar abandonan el mundo humano, pero a cambio, liberan a su equipo de súbditos llamados Zoanoroids, procedientes del paralelo mundo Beyondard, para capturar a Trill. Pero una extraña niña de nombre Iris (encontrada por Chaud en una base militar de Netopia) intentará defender a Trill de cualquier forma.
BEAST+
Es la continuación de Beast, en la que se reducen los capítulos a 10 minutos, en el que se emite junto con otro anime llamado Saru Get You de 30 minutos de duración. Mientras que su antecesora Beast sigue una misma línea en la historia, Beast Plus trata varias situaciones por separado. Una de ellas es la aparición de un extraño humanoide, de nombre Zero. Su, por así decirlo, operador es un hombre al que llaman "Profesor" e intenta reconstruir a la poderosa Cyber Bestia Final derrotada en la conclusión de Beast. La bestia revive de manera incompleta y genera caos, mientras que Zero abandona a su operador y desiste de batallar con Megaman y Protoman para después desaparecer. La cyber bestia es derrotada pero el Profesor escapa para preparar un nuevo plan contra los Netsavers. Esto solamente es el argumento de hasta el capítulo seis; posteriormente Lan y compañía deben tratar con gente de Beyondard que accidentalmente se ha quedado en Den Tech City al cerrarse las puertas y causan problemas.
FUENTE:WIKIPEDIA